dc.contributor.author | Gilljam, Karin Margaretha | nb_NO |
dc.date.accessioned | 2014-12-19T14:18:13Z | |
dc.date.available | 2014-12-19T14:18:13Z | |
dc.date.created | 2011-03-17 | nb_NO |
dc.date.issued | 2010 | nb_NO |
dc.identifier | 404498 | nb_NO |
dc.identifier.isbn | 978-82-471-2259-4 (printed ver.) | nb_NO |
dc.identifier.isbn | 978-82-471-2261-7 (electronic ver.) | nb_NO |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11250/263435 | |
dc.description.abstract | DNA‐reparasjons‐protein‐komplekser, funksjonalitet og signifikans for reparasjonseffektivitet og skadetoleranse
All informasjon om en organisme er lagret i vår arvestoff, DNA. DNA er et relativt ustabilt makromolekyl som konstant blir utsatt for farer som truer dets integritet, både fra omgivelsene og fra kjemiske prosesser inne i selve cellen. I tillegg kan baser spontant bli mistet uten noe form for påvirkning. Selve kopieringen av DNA, den såkalte DNA-replikasjonen er svært rask og er en kritisk prosess i cellen hvor mye kan gå galt. I tillegg kan ureparerte DNA-skader ved replikasjonen foreviges i form av mutasjoner. Mutasjoner i gener som koder for proteiner som regulerer cellens vekst og død kan resultere i ukontrollert cellevekst og dermed kreft. En av cellens strategier for å sikre effektiv og trygg replikasjon og reparasjon av DNA’et er å samarbeide ved å danne proteinkomplekser, hvorav PCNA ofte spiller en sentral rolle. PCNA sitter som en homotrimerisk ring rundt DNA-tråden som replikeres, og fungerer som en plattform for binding av mange proteiner. I tillegg til binding av DNA-replikasjonsproteiner, bindes også mange DNA-reparasjonsproteiner til PCNA, og sørger for effektiv reparasjon av skadet DNA både før og etter selve replikasjonen. I tillegg er PCNA involvert i DNA-syntese ved reparasjon som ikke er assosiert med replikasjon.
I 1998 ble det funnet et motiv (en peptid-sekvens) som er ansvarlig for at mange proteiner bindes til PCNA, kalt PCNA Interacting Peptide (PIP). I artikkel 1 fant vi ved hjelp av blant annet fluorescerende proteiner og konfokal mikroskopi et nytt motiv som er viktig for proteiners binding til PCNA. Dette motivet fant vi først i det direkte alkyleringsreparasjons-proteinet; human AlkB homologue 2 og derfor kalte vi motivet AlkB homologue 2 PCNA Interacting Motif (APIM). I denne artikkelen verifiserer vi et funksjonelt APIM motiv i fem proteiner og viser at over-uttrykk av dette motivet gjør celler mer sensitive for alkylerende skade. Dette tyder på at overuttykk av APIM hemmer bindingen mellom APIM-inneholdende DNA reparasjons-proteiner og PCNA slik at de ikke reparerer DNA-skadene optimalt.
I samme artikkel viser vi også at APIM er konservert i mer enn 200 proteiner, blant annet i nukleotideeksisjonsreparasjons (NER) proteinet Xeroderma Pigmentosum group A (XPA), og i artikkel 2 verifiserer vi at APIM også er et funksjonelt PCNA bindende motiv i XPA. Vi viser og at overuttrykk av APIM-peptidet gjør celler mer sensitive for skade fra UV-lys, en type DNA-skade som hovedsakelig blir reparert av NER. I tillegg finner vi bevis som støtter at det er redusert funksjon av XPA som er årsak til at cellene er mer UV-sensitive ved overuttrykk av APIM, antagelig pga. svekket binding til PCNA.
I artikkel 3 ser vi nærmere på baseeksisjonsreparasjons- og singeltrådbruddsreparasjons-proteinet XRCC1. Dette er i likhet med PCNA og XPA et protein uten enzymatisk funksjon, men med mange bindingspartnere, blant annet PCNA. Hvilken del av XRCC1 som er viktig for dens funksjon i cella er derimot ikke helt klarlagt, noe vi undersøker nærmere i denne artikkelen. Det viser seg at den delen av XRCC1 som har evnen til å binde PCNA og alkyleringsreparasjons-proteinet MPG er den eneste XRCC1 mutanten som kan stimulere reparasjon av alkyleringsskader, noe som igjen bekrefter viktigheten av å binde seg til PCNA.
Oppsummert tar dette arbeidet for seg hvordan DNA-reparasjonsproteiner binder seg til hverandre og PCNA, og hvordan dette påvirker evnen til å reparere DNA og dermed tåle DNA-skade. | nb_NO |
dc.language | eng | nb_NO |
dc.publisher | Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet, Det medisinske fakultet, Institutt for kreftforskning og molekylær medisin | nb_NO |
dc.relation.ispartofseries | Doktoravhandlinger ved NTNU, 1503-8181; 2010:146 | nb_NO |
dc.relation.ispartofseries | Dissertations at the Faculty of Medicine, 0805-7680; 445 | nb_NO |
dc.relation.haspart | Gilljam, Karin M.; Feyzi, Emadoldin; Aas, Per A.; Sousa, Mirta M. L.; Mueller, Rebekka; Vagbo, Cathrine B.; Catterall, Tara C.; Liabakk, Nina B.; Slupphaug, Geir; Drablos, Finn; Krokan, Hans E.; Otterlei, Marit. Identification of a novel, widespread, and functionally important PCNA-binding motif. Journal of Cell Biology. (ISSN 0021-9525). 186(5): 645-654, 2009. <a href='http://dx.doi.org/10.1083/jcb.200903138'>10.1083/jcb.200903138</a>. | nb_NO |
dc.relation.haspart | Gilljam, Karin M.; Müller, Rebekka; Otterlei, Marit. Proper functioning of the Xeroderma Pigmentosum group A protein is dependent on interaction with PCNA. . | nb_NO |
dc.relation.haspart | Hanssen‐Bauer, Audun; Solvang‐Garten, Karin; Gilljam, Karin M.; Thorseth, Kathrin; Akbari, Mansour; Otterlei, Marit. The NLS to BRCT1 region of XRCC1, harboring the three most common singlenucleotide variations, is essential for the scaffolding function of XRCC1.. . | nb_NO |
dc.title | DNA repair protein complexes, functionality and significance for repair efficiency and cell survival | nb_NO |
dc.type | Doctoral thesis | nb_NO |
dc.contributor.department | Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet, Det medisinske fakultet, Institutt for kreftforskning og molekylær medisin | nb_NO |
dc.description.degree | PhD i molekylærmedisin | nb_NO |