| dc.description.abstract | Utbruddet av SARS-CoV-2 har demonstrert realiteten av globale virale trusler. SARS-CoV-2 krysset arts barrierer og forårsaket en pandemi som verden ikke var forberedt på. Antiviraler er medikamenter som hemmer formeringen av ett spesifikt virus. Flere slike antiviraler har bevist utslagsgivende effekt mot virus. Dette illustrerer viktigheten av forskning på antivirale medikamenter, som i fremtiden vil være viktige forkjempere i kampen mot virus-relaterte sykdommer. Det nåværende fokuset er på utviklingen av bredt-spektret antivirale legemidler (BSA), som er medikamenter med effekt mot et bredt spekter av virus og deres medikamentresistente varianter. Den mest utbredte metoden for utvikling av BSA er reposisjonering av medikamenter. Denne metoden utgjør en rask og kostnadseffektiv tilnærming med redusert risiko i søken etter nye indikasjoner av eksisterende medikamenter. In silico oppdagelse av disse nye indikasjonene er den første og viktigeste fasen innen reposisjonering av medikamenter. For å kunne avdekke nye indikasjoner er man avhengig av databaser som integrerer mulige BSA aktiviteter. Slike databaser vil være verdifulle i identifiseringen av de mest lovende BSAene fra en samling av flere tusen mulige BSAer. Disse forberedelsene vil gjøre det mulig å prioritere utviklingen av lovende BSAer i den kritiske perioden mellom identifikasjon av et nytt virus og fremstillingen av virus-spesifikke vaksiner, medisiner og terapeutiske antistoffer.
Formålet med masteroppgaven var å utarbeide en ressurs som samler og analyserer BSAer, samt å etablere metoder for å identifisere de mest lovende BSAene som forberedelser mot fremtidige globale virale trusler.
I denne masteroppgaven beskriver jeg den integrerende og interaktive DrugVirus.info 2.0 databasen som muliggjør analyse og visualisering av BSA aktivitet. Videre beskriver jeg en ny metode for å selektere de mest lovende BSAene innad i DrugVirus.info databasen. Denne metoden er basert på evaluering av BSA komponenter som påvirker antiviral aktivitet; BSAenes målgrupper av gener og proteiner, administrasjonsveier, fylogeni- og struktur- aktivitetsforhold, og immunomodulatoriske egenskaper. På denne måten bidro studiet mitt til oppdagelse av potensielle bredt-spektrede antivirale medikamenter. | |
| dc.description.abstract | Animal viruses, such as SARS-CoV-2, have demonstrated the current reality of global viral threats. SARS-CoV-2 crossed species barriers and caused an unpredictable pandemic within the human population. Antivirals are medications with activity against a specific virus. Several antivirals have demonstrated a profound activity, supporting the importance of further antiviral elaboration in viral disease management. Currently, the emphasis is on broad-spectrum antivirals (BSAs), compounds with activity against a broad range of viruses and their drug-resistant strains and variants. The favorable method of BSA development is drug repositioning. Drug repositioning displays a rapid, cost-efficient, and reduced-risk approach in the search for new indications of already available medications. The most critical phase of drug repositioning is in silico discovery of a new indication of BSAs. To perform such discoveries, researchers need a database summarizing BSA activities. BSA databases could help identify the most promising few of thousands of potential BSAs to prioritize their development during the critical period between the identification of a new virus and the development of virus-specific vaccines, drugs, and therapeutic antibodies.
My aim was to assemble a resource for the exploration and analysis of BSAs and to develop a new method to identify the most promising BSAs for viral pandemic preparedness.
Here, I describe the integrative and interactive DrugVirus.info 2.0 portal that allows exploration and analysis of BSAs. I further describe a new method of selecting the most promising BSAs among 255 drugs present in the DrugVirus.info database based on BSA-target relevance, routes of administration, phylogeny- and structure-activity relationship, and immunomodulatory properties analyses. Thus, my study promoted the discovery and development of promising broadly-effective antiviral therapies. | |
