• norsk
    • English
  • English 
    • norsk
    • English
  • Login
View Item 
  •   Home
  • Fakultet for informasjonsteknologi og elektroteknikk (IE)
  • Institutt for datateknologi og informatikk
  • View Item
  •   Home
  • Fakultet for informasjonsteknologi og elektroteknikk (IE)
  • Institutt for datateknologi og informatikk
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Felles ordbok for identifisering av protein-/genforekomster og interaksjoner i biomedisinske artikkelsammendrag.: muligheter og utfordringer

Hæreid, Mari Lie
Master thesis
Thumbnail
View/Open
350520_FULLTEXT01.pdf (641.4Kb)
350520_COVER01.pdf (104.6Kb)
URI
http://hdl.handle.net/11250/251851
Date
2007
Metadata
Show full item record
Collections
  • Institutt for datateknologi og informatikk [4913]
Abstract
Formålet med denne oppgaven var å se på muligheten for samling av flere annoterings- og interaksjonsdatabaser, for dermed å kunne forbedre identifiseringen av protein-/genforekomster og -interaksjoner i biomedisinske artikkel-sammendrag. For å underbygge vurderingene foretatt i oppgaven er en prototype implementert. Den viser hvordan man kan hente ut aktuell informasjon fra forskjellige annoterings- og interaksjonsdatabaser, og lagre dem i en felles relasjonsdatabase. I prototypen blir relasjonsdatabasen indeksert og det er implementert muligheter for tekstsøk mot indeksen. Resultatet av søk viser protein-/gennavn og/eller -synonymer fra relasjons-databasen, samt tilleggsinformasjon som symbol/id, interaksjoner med andre protein/gen og kryssreferanser mellom annoteringsdatabasene. For å teste om prototypen fungere som ønsket og at relasjonsdatabasen lagrer informasjon på en tilfredsstillende måte, er det hentet ut testsett fra annoterings- og interaksjonsdatabasene.Testresultatene viser at informasjon blir lagret, indeksert og kan gjenfinnes på en måte som oppfyller de stilte kravene. Vurderingene som er foretatt, sammen med prototypen, viser at en felles relasjonsdatabase vil være mulig og kan fungere bra for identifisering av protein-/genforekomster i artikkelsammendrag. Til tross for dette er det mange utfordringer som gjenstår før en slik samling vil fungere optimalt. Blant annet er mange av annoterings- og interaksjonsdatabasene forskjellige både i struktur og innhold, samt at det av forskjellige grunner kan være vanskelig å hente ut data fra dem. Dette er også mye av grunnen til at lite forskning er utført innenfor dette området og at det må vurderes hvorvidt det er hensiktsmessig og forsette arbeidet med å utvikle en slik samling, med tanke på ressursbruk og hva man kan få igjen for det.
Publisher
Institutt for datateknikk og informasjonsvitenskap

Contact Us | Send Feedback

Privacy policy
DSpace software copyright © 2002-2019  DuraSpace

Service from  Unit
 

 

Browse

ArchiveCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsDocument TypesJournalsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsDocument TypesJournals

My Account

Login

Statistics

View Usage Statistics

Contact Us | Send Feedback

Privacy policy
DSpace software copyright © 2002-2019  DuraSpace

Service from  Unit