Investigation of properties and classification of human transcription factors

Abstract

Studier av egenskaper og klassifisering av humane transkripsjonsfaktorer

Egenskaper og funksjonen av ulike celler bestemmes gjennom regulering av genuttrykket, og en rekke ulike mekanismer er aktive i den enkelte celle for å øke eller redusere genuttrykket. Blant annet transkripsjonsfaktorer er viktige for genregulering. Hensikten med dette arbeidet har vært å kartlegge spesifikke egenskaper ved transkripsjonsfaktorer for bedre å forstå hvordan de samspiller i genreguleringen, og hvordan deres egenskaper og endringer i disse egenskapene kan påvirke dette samspillet. Dette ble først gjort ved å lage en database med kjente transkripsjonsfaktorer og deres egenskaper, og gjøre statistiske analyser av dette. Den studien viste at et slikt datasett er en nyttig ressurs for å analysere andre datasett på genregulering, men at det også kan være en bias i slike analyser på grunn av ufullstendige data. Denne studien ble så utvidet ved å klassifisere transkripsjonsfaktorer i undergrupper basert på hvordan de åpner opp og binder til kromatin under genregulering, basert på eksperimentelle data. Det klassifiserte datasettet ble brukt til å analysere andre eksperimentelle data, og dette viste blant annet klare forskjeller i hvordan de ulike undergruppene av transkripsjonsfaktorer binder til DNA. Det ble så fokusert på en undergruppe av gener som reagerer veldig raskt på stimulering, for å få en bedre forståelse av hvordan slike gener blir regulert. Dette ble gjort delvis gjennom en litteratur-studie, og delvis ved å gjøre statistisk analyse av et sett av slike gener og deres omgivelser i genomet. Dette studiet identifiserte blant annet flere transkripsjons-faktorer som selv hører til under denne typen av gener, men som også er involvert i reguleringen av slike gener. Dette kan i fremtiden gi grunnlag for en modellering av regulatoriske interaksjoner i gener med rask aktivering.