• norsk
    • English
  • English 
    • norsk
    • English
  • Login
View Item 
  •   Home
  • Fakultet for naturvitenskap (NV)
  • Institutt for bioteknologi og matvitenskap
  • View Item
  •   Home
  • Fakultet for naturvitenskap (NV)
  • Institutt for bioteknologi og matvitenskap
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Development of Molecular Tools in the Diatom Coscinodiscus wailesii

Palandre, Hugues
Master thesis
Thumbnail
View/Open
no.ntnu:inspera:75551004:47139529.pdf (18.79Mb)
URI
https://hdl.handle.net/11250/2832199
Date
2021
Metadata
Show full item record
Collections
  • Institutt for bioteknologi og matvitenskap [1715]
Abstract
Þróun Sameindalíffræði tooes í kísilþörungar Coscinodiscus Wailesii kísilþörungars eru þekktir fyrir

fjölmörg form og eyðublöð sem gefin eru af frumuveggnum sínum úr kísil sem heitir frustule. Þeir

eru einnig mjög mismunandi í stærð. Rannsóknir á erfðafræðilegum erfðafræðilegum köflum hefur

aðallega lagt áherslu á litla kísil af hagnýtum ástæðum, svo sem genamengi, en einnig þægindi af

styttri kynslóð minni smærri frumna.

Þrátt fyrir að hafa lengri tvöföldunartíma, sinna stórum köflum tiltölulega hvað varðar

lífmassaþéttleika og vöxt, sem gerir þeim góðan frambjóðandi tegundir til framleiðslu á iðnaðar

mælikvarða. Þessir kostir gætu gert risastórt dísir góðar frambjóðandi tegundir til að mæla upp

framleiðslu. Nauðsynlegt er að þróa aðferðir og þekkingu á risastórt kísilgen tjáningu til að gefa

lausan tauminn iðnaðar möguleika sína í náinni framtíð. Þessi aðalritgerð sem miðar að því að

beita erfðafræðilegum verkfræði í C. wailesii með samskiptum í E. coli.

Þar sem tilraunir til að starfrækja samtengingar í Coscinodiscacae eru hingað til unreported, þurfti

að hanna ræktun og valferli. Enn fremur, vegna vanhæfni til að vaxa C. wailesii á þýðingar,

var nýtt í þýðingar rækun samskiptareglur þróað. Frá birtu erfðamengjafræði röð C. wailesii,

mjög gefið upp verkefnisstjórar frá gen CwLHCF4-like og CwLHCFNew-1 voru notuð til að hanna

episomes. Plasmíðin fyrir samtengingu samanstanda af pCwPUC3Mut burðarás í tengslum við

verkefnisstjóra, terminator og sértækur merkisgen. Vandlátur genið er sett í plasmíðið, almennt

ble (zeocin). Fyrri tilraunir sýndu að C. wailesii getur ekki þolað styrkleika 50 g / ml af zeocin.

Frá og með í dag var ekki hægt að sýna samskipt DNA flytja milli baktería og C. wailesii. Skjalið

miðar að því að veita skýringarmynd um hvernig á að þróa sameindaverkfæri í kísilum og hvetja

aðra rannsóknaraðila til að taka við verkefninu með því að nota upplýsingarnar sem uppgötvast á

aðalritgerðinn
 
Diatoms are known for their numerous shapes and forms given by their cell wall made of silica

named frustule. They also differ significantly in size. The research on diatom genetics has mainly

focused on small diatoms for practical reasons, such as genome size, but also the convenience of

shorter generation time of smaller cells. Despite having a longer doubling time, big diatoms perform

comparatively in terms of biomass density and growth, making them good candidate species for

industrial scale production. Those advantages could make the giant diatoms good candidate species

to scale-up production. It is necessary to develop methods and knowledge on the giant diatom gene

expression to unleash their industrial potential in the near future. This master thesis aimed to

apply genetic engineering in Coscinodiscus wailesii by trans-kingdom conjugation from Escherichia

coli.

As attempts to operate conjugations in Coscinodiscacae are hitherto unreported, cultivation and

selection processes had to be designed. Furthermore, due to the inability to grow C. wailesii on

agar, a new in-agar culture protocol was developed.

From the published genomic sequence of C. wailesii, highly expressed promoters from the gene

CwLHCF4-like and CwLHCFNew-1 were used to design the episomes. The plasmids for

conjugation are composed of a pPtPUC3Mut backbone associated with the promoters, a

terminator and a selective marker gene. The selective gene inserted in the plasmid, the

commonly use ble (zeocin). Previous experiments shown that Coscinodiscus wailesii cannot

tolerate a concentration of 50 μg/mL of zeocin.

As of today, the conjugative DNA transfer between bacteria and C. wailesii could not being

demonstrated. The document aims to provide an explanatory protocol on how to develop molecular

tools in diatoms and encourage other researcher to take over the project using the information

discovered during the master thesis.
 
Publisher
NTNU

Contact Us | Send Feedback

Privacy policy
DSpace software copyright © 2002-2019  DuraSpace

Service from  Unit
 

 

Browse

ArchiveCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsDocument TypesJournalsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsDocument TypesJournals

My Account

Login

Statistics

View Usage Statistics

Contact Us | Send Feedback

Privacy policy
DSpace software copyright © 2002-2019  DuraSpace

Service from  Unit