| dc.description.abstract | Nytteverdien til modellering i biologi øker stadig. Maskinvare og programvare blir stadig mer sofistikert, og i møte med den stadig voksende strømmen av data fra høy-volum eksperimentelle teknikker vokser også modellers potensielle sofistikasjon og nødvendighet. Fluksbalanseanalyse (FBA) har vært en av de mest suksessfulle og populære metodene for modellering av cellulær metabolisme i systembiologi i en årrekke, og har gitt opphav til en rekke avskudd og derivater.
I dette prosjektet har to eksisterende former for FBA blitt kombinert til en ny. Den første, dynamisk FBA (dFBA), tillater modelleringen av cellulær metabolisme over tid, og av hvordan denne interagerer med sitt miljø. Denne metoden har vist seg nyttig i optimalisering av industrielle forhold for mikrobiell produksjon av biomolekyler, og for å undersøke transientene i cellulær metabolisme. Den andre metoden, internt begrenset FBA (ircFBA) har vist bemerkelsesverdig treffsikkerhet i å forutse metabolsk adferd over en rekke vekstmedia med behov for mindre situasjonsspesifikk kunnskap og justering enn standard FBA.
Disse to metodene ble kombinert til et nytt rammeverk, her kalt dynamisk internt begrenset FBA (dircFBA). Dette ble gjort i et forsøk på å kombinere nytteverdien til dFBA med treffsikkerheten til ircFBA. Metoden, dircFBA, ble applisert på en omfattende genom-skala modell av \textit{E. coli}. Etter testing av den nye modellens forutsigelser mot eksperimentelle data ervervet fra litteraturen, og analyse av resulatene, ble forsøket vurdert som vellykket. Modellens forutsigelser forbedret på de gjort av sine forgjengere, og tillot videre innsikt i dynamikken i cellemetabolisme som interagerer med et endrende miljø.
Videre tilbyr dircFBA et solid rammeverk for fremtidig utvidning, med lovende prospekter for enda bedre forutsigelser i fremtidige utvidninger av metoden. | |
