Optimalisering av sangersekvensering av BRCA1- og BRCA2-genene

Abstract

I denne bacheloroppgaven er hensikten å optimalisere primere for sangersekvensering av BRCA1 og BRCA2. Dette gjelder for de primerne som ikke følger standard betingelser for rutinen ved Avdeling for medisinsk genetikk (AMG), eller som gir uspesifikke og svake produkter ved gelelektroforese. Disse BRCA-primerne redesignes med mål om å følge avdelingens standardbetingelser for temperatur ved touchdown-PCR og konsentrasjon av primerbruksløsning.

Ved design av primere finnes det et sett med regler som bør følges. Det er disse reglene som har lagt grunnlaget for redesign av BRCA-primere. Gelelektroforese og sangersekvensering ble utført for å teste ut og validere primerne.

Resultatene fra gelelektroforese viser at de redesignene primerne produserer spesifikke og sterke bånd. Sekvenseringsproduktene ga høy signalstyrke og lite bakgrunnsstøy.

Konklusjonen er at de nye primerne fungerer optimalt. Primerne er validert og kan implementeres i rutinen ved AMG. Vi anbefaler at avdelingen redesigner de resterende primerne.

In this bachelor’s thesis, the purpose is to optimize primers for Sanger sequencing of BRCA1 and BRCA2. This applies to the primers that do not follow the standard conditions applied in the routine at The Department of Medical Genetics. This also applies to the primers that produce nonspecific and weak bands by gel electrophoresis. Some of these BRCA-primers are redesigned with the aim of following the department’s standard conditions for temperature and touchdown PCR and concentration of the working primer solution.

When redesigning primers there is a set of rules that should be followed. Gel electrophoresis and Sanger sequencing was performed in order to validate the new primers.

The results from gel electrophoresis show that the redesign has been successful. The bands produced show that the products are strong and specific. The signal intensity generated from the Sanger sequencing products is within acceptable range. When sequencing there is little to no background noise.

In conclusion the new primers follow the standard conditions applied in the routine at The Department of Medical Genetics. The primers have been tested and validated and is now ready to be implemented in the routine. We recommend that the department continues our work and redesigns the remaining primers.