dc.contributor.advisor | Tveten, Ann-Kristin | |
dc.contributor.author | Kongsgård, Tobias Helliksen | |
dc.date.accessioned | 2023-07-04T17:22:19Z | |
dc.date.available | 2023-07-04T17:22:19Z | |
dc.date.issued | 2023 | |
dc.identifier | no.ntnu:inspera:147337496:148956917 | |
dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/11250/3075884 | |
dc.description.abstract | Dette forsøket tar sikte på å optimalisere ITS (Internal Transcribed Spacer) gen-amplifisering
for videre biodiversitetanalyse, med søkelys på å bidra til kartlegging av fremmede arter som
kommer inn i Norge gjennom planteimport. Biodiversitet er en av flere avgjørende faktorer
for økosystemets funksjonalitet, og overvåkning og identifisering av fremmede arter som kan
true det biologiske mangfoldet er derfor viktig.
DNA metabarcoding er en effektiv metode for identifisering av organismer basert på de
genetiske signaturene deres. I denne studien ble polymerase kjedereaksjon (PCR) benyttet til å
amplifisere ITS genet fra planteprøver for videre artsidentifisering ved bruk av DNA
metabarcoding. Målet med studien er å optimalisere denne reaksjonen ved å undersøke ulike
variablers effekt på utbyttet av PCR. Variablene som ble undersøkt inkluderte tilsetning av
dimetylsulfoksid (DMSO) og magnesiumklorid (MgCl2), ulike konsentrasjoner av tilsatt
templat-DNA og primerløsning og endringer i PCR-reaksjonens hybridiseringstemperatur.
Disse variablene ble systemisk manipulert for å finne den optimale kombinasjonen som
resulterte i best amplifikasjonsutbytte. Resultatene av eksperimentet bidro til å finne de mest
gunstige betingelsene for amplifisering av ITS, og ved å optimalisere PCR-prosessen kan
kartleggingen av fremmede arter som potensielt truer norsk biodiversitet forbedres. Forsøket
bidrar med innsikt i metodene for å indentifisere og overvåke introduksjonen av fremmede
arter ved hjelp av genomisk gjenkjenning, og resultatene kan være nyttige for videre
forskning og utvikling av disse metodene. | |
dc.description.abstract | This experiment aims to optimize ITS (Internal Transcribed Spacer) gene amplification for
further biodiversity analysis, with a focus on contributing to the mapping of foreign species
that enter Norway through plant importation. Biodiversity is one of several decisive factors
for the functionality of an ecosystem, and monitoring and identification of foreign species that
may threaten biodiversity is therefore important.
DNA metabarcoding is an effective method for identifying organisms based on their genetic
signatures. In this study polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify the ITS gene
from plant samples for further species identification by use of DNA metabarcoding. The aim
of the study was to optimize this reaction by investigating the effects of various variables to
the PCR-yield. The variables investigated included the addition of dimethyl sulfoxide
(DMSO) and magnesium chloride (MgCl2), different concentrations of added template-DNA
and primer solution, and changes in the PCR annealing temperature. These variables were
systematically manipulated to find the optimal combination that resulted in the best
amplification yield. The results of the experiment helped to find the most favourable
conditions for amplification of ITS, and by optimizing the PCR-process, the mapping of
foreign species and invasive species that can potentially threaten Norwegian biodiversity can
be improved. The experiment contributes insight into the methods for identifying and
monitoring the introduction of foreign species using genomic recognition, and the results may
be useful for further research and development of these methods. | |
dc.language | nob | |
dc.publisher | NTNU | |
dc.title | Optimalisering av metode for biodiversitet analyse med ITS som målgen | |
dc.type | Bachelor thesis | |