Metodesammenligning av E-test mot agarfortynningsteknikk for undersøkelse av resistens mot Metronidazole i Helicobacter pylori

Abstract

Bakgrunn: Fordi Helicobacter pylori (H.pylori) er både kravstor og saktevoksende er det svært viktig å benytte optimal dyrkningsmetode for å oppnå tilstrekkelig vekst for in-vitro undersøkelser. Bakterien har begynt å utvikle resistens mot antibiotika, som gjør det viktigere å undersøke mottakelighet for antibiotika før behandling. Et av antibiotikaene som kan benyttes i behandling mot H.pylori er Metronidazole. Tidligere studier har vist at E-test viser en høyere resistens mot Metronidazole enn agarfortynningsteknikk. E-test er en enklere og mindre ressurskrevende metode å gjennomføre. Avdeling for medisinsk mikrobiologi ved St. Olavs hospital i Trondheim ønsker å undersøke om E-test kan være et akseptabelt alternativ til agarfortynningsteknikk.

Materiale og metode: Det ble gjennomført en semi-kvantitativ sammenlikning mellom oppvekst av H.pylori på Helicobacter-agar, Mueller Hinton agar med saueblod og Mueller Hinton agar med hesteblod. Deretter ble E-test og agarfortynningsteknikk sammenliknet for Metronidazole mot H.pylori. Det ble gjennomført resistenstest på to metoder for 49 H.pylori stammer. Resultatene ble avlest og ført opp i tabeller og diagrammer. Statistiske beregninger ble utført. Resultater ble vurdert i forhold til krav om riktighet.

Resultater: Vi fant at agaren med best vekst er Helicobacter-agar. Vi fant at det er svært dårlig oppvekst av H.pylori hentet ut av fryser da 40/171 spredte prøver fikk nok oppvekst til å utføre sammenlikningen. Kontrollstammen hadde høyere MIC for E-test enn oppgitte verdier, derfor anser vi ikke resultater for E-test som 100% pålitelige. Vi fant en kategorisk enighet = 98%, essensiell enighet = 49%, Cohens kappa = 0.96 og at mer enn halvparten (28/49) av prøvene er resistent for Metronidazole.

Konklusjon: I henhold til krav på > 90% kategorisk og essensiell enighet kan ikke E-test benyttes i rutinen istedenfor agarfortynningsteknikk. Det anbefales å finne årsak til at Metronidazole har høyere MIC for ATCC 43504 enn det som er oppgitt, ved undersøke flere prøver, da E-test krever langt mindre tid og ressurser enn agarfortynningsteknikk.

Background: It is important to choose an optimal growth medium for the bacteria Helicobacter pylori (H.pylori) to get sufficient growth. The bacteria started to evolve resistance to antibiotics, it is therefore important that we perform susceptibility tests before we treat patients. One of the antibiotics used in treatment of the bacteria is Metronidazole. Previous studies have shown that E-test predict a higher resistance towards Metronidazole than agar dilution method. E-test is an easier method than agar dilution method and demands less resources. The department of medical microbiology at St. Olavs Hospital Trondheim wants to know if they can use E-test instead of agar dilution.

Method: A semi-quantitative examination was performed to find which agar provided the most growth of H.pylori, the bacteria was spread on Helicobacter-agar, Mueller Hinton agar with 5% horse blood and Mueller Hinton agar with 5% sheep blood. Then a comparison of E-test and agar dilution was performed. 49 strains were grown and tested. The results were read and organized in tables and diagrams. Statistical calculations were performed. Results were compared to requirements for accuracy.

Results: we found that Helicobacter-agar provided the best conditions for the bacteria as it had the most growth. There’s generally poor growth of H.pylori from the strains that have been frozen, as only 40 out of 171 strains grew sufficiently for the comparison. The control for E-test was not approved, and the results are not to be 100% trusted. We found a categorical agreement of approximately 98%, essential agreement of 49%, a Cohen’s kappa at 0.96, and that more than half of the strains were resistant to Metronidazole.

Conclusion: E-test cannot be used instead of agar dilution according to the requirement of > 90% categorical and essential agreement. We recommend figuring out why the control will not go in for E-test, and then examine some more samples since E-test requires far less resources than agar dilution.