Metodeutvikling og påvisning av Paranucleospora theridion, Neoparamoeba species og Neoparmoeba perurans ved bruk av real-time PCR og konvensjonell PCR

Abstract

Målet med oppgaven var å finne en metode for å påvise parasittene Paranucleospora theridion, Neoparamoeba species og Neoparamoeba perurans ved bruk av real-time PCR og konvensjonell PCR. Disse parasittene forårsaker store økonomiske tap i lakseoppdrettsnæringen, og har blitt et stort problem de siste årene i Norge og i andre land verden rundt. Det ble utført konvensjonell PCR som forsterker og påviser DNA som sluttprodukt. DNAet blir målt ved gelelektroforese. Ved real-time PCR er det ikke sluttproduktet som blir målt, men produktet blir målt samtidig som det blir detektert. Under det praktiske arbeidet kom vi frem til at vi måtte bruke konvensjonell PCR for å kunne påvise parasittene. For å etablere metoden ble det tilsammen brukt 37 prøver av lakselus (Lepeophtheirus salmonis) og gjeller fra laks (Salmo salar). Optimaliseringen ble utført ved å velge konsentrasjonen av magnesiumklorid og temperaturen som ga best bånd i gelelektroforesen.