Hvordan virker sialinsyre hos Humant Rhinovirus 87, og kan sialinsyre stimulering påvirke veksten av viruset?

Abstract

I denne oppgaven undersøkes hvordan sialinsyre virker hos Humant Rhinovirus 87, og om sialinsyre stimulering påvirker veksten av viruset. Viruset forårsaker normalt en lett forkjølelse, men i enkelte tilfeller, særlig hos barn, kan viruset forårsake alvorlig sykdomsforløp. Prøvematerialet kom ferdig ekstrahert, og inneholdt virus som ble isolert med 0,0 mM, 0,4 mM, 1,2 mM eller 2,0 mM sialinsyre etter 0, 8, 24 og 48 timer. Vekstutviklingen ble sammenlignet mellom de ulike konsentrasjonene over en tidsperiode på 48 timer.

For å kunne studere endring i vekst dette ble det anvendt genekspresjonsanalysen RT-qPCR og instrumentet AriaMx Real-Time PCR-instrumentet ga ut rådata i form av Ct-verdier i et amplifiseringsplot. Ut i fra Ct-verdiene ble det laget en grafisk fremstilling av resultatene og ut ΔCt-verdien mellom tidspunktene for samme konsentrasjon sialinsyre ble regnet ut. Dette skulle være til hjelp når den virale replikasjonsprosessen til viruset ble diskutert. For å bestemme deteksjonsgrensen til forsøket ble det kalibrert en 1:5 standardkurve for den positive prøven. Analysen var preget av høye standardavvik innad i parallellene, noe som tyder på manglende presisjon. Resultatene gir ikke noen klare svar på hvordan sialinsyre påvirker veksten og det er vanskelig å se noe sammenheng mellom hvordan veksten endrer seg med økende sialinsyre stimulering. Det ville vært hensiktsmessig å gjenta forsøket.

This thesis study how sialic acid works in Human Rhinovirus 87, and whether sialic acid stimulation affects the growth of the virus. The virus normally causes a mild cold, but in some cases, especially in children, the virus can cause a serious course of the disease. The sample material was completely extracted and contained viruses which were isolated with 0.0 mM, 0.4 mM, 1.2 mM or 2.0 mM sialic acid after 0, 8, 24 and 48 hours. The growth development was compared between the different concentrations over a time period of 48 hours.

In order to study change in growth, the gene expression assay RT-qPCR was used and the instrument AriaMx Real-Time PCR instrument gave raw data in the form of Ct values in an amplification plot. Based on the Ct values, a graphical representation of the results was made and the ΔCt value between the times for the same concentration of sialic acid was calculated. This should be helpful when discussing the viral replication process of the virus. To determine the detection limit of the experiment, a 1: 5 standard curve was calibrated for the positive sample. The analysis was characterized by high standard deviations within the parallels, which indicates a lack of precision. The results do not give a clear answer on how sialic acid affects growth and it is difficult to see any connection between how growth changes with increasing sialic acid stimulation. It would be appropriate to repeat the experiment.