| dc.description.abstract | Resirkulerende akvakultursystemer (RAS) har økt i popularitet for oppdrett av atlantisk laks (Salmo salar). I RAS blir fisken kontinuerlig utsatt for mikrober som lever i det resirkulerende vannet, der enkelte også har potensial til å forårsake sykdom hos oppdrettsfisken. Mucus som dekker epiteloverflatene av fisk fungerer som førstelinjeforsvar mot potensielle patogener fra omgivelsene og består av kommensale og/eller opportunistiske bakterier som spiller en betydelig rolle i vertens immunsystem. Likevel er kunnskap om bakteriesamfunnene som finnes i fiskens mucus, og faktorer som påvirker dem begrenset. Å undersøke bakteriesamfunn i fiskens mucus kan gi bedre innsikt i hvordan mikrobiomet påvirker vertens velferd og robusthet, hvilket igjen påvirker akvakulturindustrien.
I denne studien har bakteriesamfunn i skinn- og gjellemucus av atlantisk laksesmolt i fire kommersielle RAS-anlegg blitt undersøkt gjennom cdPCR og Illuminasekvensering. Målet var å få en bedre forståelse av bakteriesammensetningen i mikrobiomet til laksesmolt. I tillegg ble mikrobiotaen i skinn- og gjellemucus sammenlignet med mikrobiota fra prøver tatt av tankvannet fra de samme RAS-anleggene.
Gjennom cdPCR ble det høyeste antallet 16S rRNA-genkopier funnet i prøver fra gjellemucus sammenlignet med mucus fra skinnprøver, hvilket indikerer at flere bakterier var til stede i mucus fra gjelle. Prøver fra skinnmucus hadde imidlertid betydelig høyere alfadiversitet enn gjelleprøver. Det ble funnet signifikant forskjell i sammensetningen av mikrobiomet mellom skinn- og gjellemucus på slektsnivå. Videre ble det funnet signifikant forskjell i mikrobiotasammensetningen i skinnprøvene mellom de fire RAS-anleggene, og i gjelleprøvene mellom de fire RAS-anleggene på ASV nivå. Når det gjelder taksonomiske sammenligninger ble det observert at skinnmucus generelt var dominert av Bifidobacteriaceae, mens gjellemucus var dominert av Flavobacteriaceae. Det ble dog funnet individuelle forskjeller mellom de fire anleggene. Det var også signifikante forskjeller i den mikrobielle sammensetningen på slektsnivå mellom prøver tatt fra fiskens mucus og det korresponderende tankvannet. Mikrobiota fra tankvannet var tidligere undersøkt i MonMic-prosjektet. | |
| dc.description.abstract | Recirculating aquaculture systems (RAS) have become a popular production system for Atlantic salmon (Salmo salar). In RAS, fish are continuously exposed to nonpathogenic and pathogenic microbes with potential to cause disease in the reared fish. Mucus covering the epithelial surfaces of fish acts as the first line of defense against potential pathogens from the surrounding environment. Playing a significant role in the animal host immune system, the mucosal layers also harbor commensal and/or opportunistic bacteria. However, knowledge about the bacterial communities in fish mucosal layers, and factors that influence them, is sparse. Investigating bacterial community structures in fish mucus gives the opportunity to provide greater insight to the microbial role in host welfare and robustness, which impacts the aquaculture industry.
In this study, bacterial community structures of Atlantic salmon smolt skin and gill mucus in four commercial RAS facilities have been investigated through cdPCR and Illumina sequencing with intention of better understanding the bacterial composition in the mucus microbiome of salmon smolts. Additionally, the microbiota found in fish skin and gill mucus was compared to microbiota of the tank water from the same RAS facilities.
Through cdPCR, the highest number of 16S rRNA gene copies were found in gill samples compared to skin samples, indicating that more bacteria were present in gill mucus. However, skin samples had significant higher alpha diversity than gill samples. On genus level, there was found significant difference in the microbiome composition between skin and gill mucus samples. Further, there was also significant difference in the microbiome composition found in skin samples between the four RAS facilities, and in gill samples between the four RAS facilities on ASV level. Regarding the taxonomic comparison, samples obtained from skin mucus were in general populated by Bifidobacteriaceae, while gill mucus samples were dominated by Flavobacteriaceae. However, there was found individual differences between the four facilities. Lastly, there were found significant differences in the microbial composition on genus level between microbiota from fish mucus and the corresponding tank water. Microbiota from the tank water was studied in the MonMic project previously. | |