Helgenomsekvensering av Listeria monocytogenes fra lakseindustri - Kvalitetssikring av DNA

Abstract

Hensikten med oppgaven var å etablere kunnskap om Listeria monocytogenes-isolater hentet fra en laksefabrikk ved å isolere DNA og sende DNA-isolatet videre til helgenomsekvensering. Den vitenskapelige verdien av denne kunnskapen skulle deretter bli vurdert og man skulle undersøke hvordan denne kunnskapen potensielt kan anvendes for å redusere forekomsten av Listeria monocytogenes i laksenæringen.

Isolatene benyttet i forsøket stammet fra interne prøveuttak fra en laksefabrikk. Et utvalg av isolatene gikk gjennom en DNA-isoleringsprosess og ble sendt videre til sekvensering hos et eksternt laboratorium. De samme isolatene ble også identifisert ved hjelp av Biolog Gen III MicroPlate™. Dette prosjektet viste at selv validerte ISO-standarder for prøvetaking og identifisering ikke alltid er 100 % selektive for Listeria monocytogenes, da noen av isolatene som ble benyttet i forbindelse med denne oppgaven viste seg å være Listeria innocua etter sekvenseringen. Videre ble det også vist at identifisering av Listeria monocytogenes fra miljøprøver, ved hjelp av Biolog Gen III MicroPlate™, kan feilidentifiseres som Listeria innocua.

Metoden for isolasjon ble oppfattet som vellykket da man oppnådde sekvenseringsdata av høy kvalitet. Dataanalysene som ble bestilt i forbindelse med oppgaven ble ikke vurdert som tilpasset nok til å svare fullstendig på problemstillingen og det ble konkludert med at det derfor kreves flere analyser. Det antas at man kan bruke de samme rådataene til en eventuell videreføring av prosjektet.

The purpose of the assignment was to establish knowledge about Listeria monocytogenes-isolates obtained from a salmon plant by isolating DNA and have the genome sequenced. After sequencing, the goal was to evaluate the scientific value of this knowledge and how it could be used to further reduce the rate of incidences of Listeria monocytogenes in the salmon industry.

The isolates used in the experiment were derived from internal samples from a salmon factory. A selection of the isolates went through a DNA isolation process and was passed on to sequencing at an external laboratory. The same isolates were also identified by using Biolog Gen III MicroPlate™. This project showed that even validated ISO standards for sampling and identification are not always 100 % selective for Listeria monocytogenes, as some of the isolates used for this task were found to be Listeria innocua after sequencing. Furthermore, it was also shown that identification of Listeria monocytogenes from environmental samples, using Biolog Gen III MicroPlate™, can be misidentified as Listeria innocua.

The method of isolation was perceived as successful since high quality sequencing data were obtained. The data analyses that were ordered for the thesis were not considered satisfactory enough to fully answer the questions asked and it was concluded that therefore more analyses were required. It is assumed that the same raw data can be used for a possible continuation of the project.