Effekt av vertsgenetikk og mikrobiell vannkvalitet på kononiseringen av lakseyngel
Master thesis
Permanent lenke
http://hdl.handle.net/11250/2630126Utgivelsesdato
2019Metadata
Vis full innførselSamlinger
Sammendrag
Lakseyngel klekkes bakteriefritt, men man antar at tarmen koloniseres raskt av bakterier iomgivelsene når munnen åpnes. Både vertsgenetikk og mikrobiell vannkvalitet er vist å påvirketarmmikrobiotaen til fisk, men man kjenner ikke den relative betydningen for den enkelte avdisse faktorene. Formålet med denne masteroppgaven var å undersøke betydningen avvertsgenetikk og mikrobiell vannkvalitet på sammensetningen av tarmmikrobiotaen hosplommesekkyngel av laks. Et eksperiment ble utført med to stammer av laks (en villstamme ogen akvakulturstamme). Lakseyngelen ble klekt i et bakteriefritt miljø og senere eksponert forto ulike mikrobielle vannkvaliteter, nemlig r- og K-selektert vann. Illuminasekvensering av V3-V4 regionen av 16S-rRNA genet ble anvendt for å karakterisere og sammenligne mikrobiotaenassosiert med vann og laksetarm. Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes og Bacteroidetesvar de vanligste fylaene i laksetarmene for alle fiskegruppene. Tarmmikrobiotan til laks varsignifikant forskjellig fra vann mikrobiotan. Ingen forskjell ble observert i tarmmikrobiota forvill- og oppdrettslaks. Derimot var det en signifikant forskjell i sammensetningen avtarmmikrobiotaen for fisk som hadde fått K-selektert vann og fisk i r-selektert vann. Dennestudien indikerer at vannmikrobiotaen er en mer signifikant faktor enn vertsgenetikk forsammensetningen av tarmmikrobiotaen hos plommesekkyngel av laks. The salmon fry hatches germ-free, but the gut is rapidly colonized by bacteria in the surroundingenvironment as soon as the mouth opens. Both host-genetics and microbial water quality havepreviously been found to affect the microbiota of the fish gut. However, the relative importanceof each of these factors is poorly understood. The purpose of this study was to investigate theinfluence of host-genetics and microbial water quality on the colonization of Atlantic salmonyolk-sac fry. An experiment was conducted with two strains of Atlantic salmon (a wild strainand an aquaculture strain). The salmon fry was hatched in a germ-free environment and laterexposed to two distinct microbial water qualities, namely r- and K-selected water. Illuminasequencing of the V3-V4 region of the 16S rRNA gene was applied to characterize and comparethe microbiota associated with the water and salmon gut. The most abundant phyla in the fishgut for all rearing groups were Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes, and Bacteroidetes.The salmon gut microbiota was found to be significantly different from the water microbiota.No differences were observed between the wild and aquaculture strain of Atlantic salmon.However, a significant difference was found in the composition of the gut microbiota for fishreared in K-selected water and the fish reared in r-selected water. This study indicates that thewater microbiota is a more significant factor than host genetics for the composition of the gutmicrobiota of Atlantic salmon yolk-sac fry.