MLST genotyping av husholdningsgener til Escherichia coli ekstrahert fra Brusdalsvatnet

Abstract

Escherichia coli er en gram negativ, fakultativt anaerob stavbakterie i Enterobacteriaceae familien. E. coli lever i symbiose med mennesker og andre pattedyr i deres gastrointestinale systemer, og er en opportunistisk patogen bakterie. Urinveisinfeksjon, sepsis og diarésykdom er tre klassiske kliniske sykdommer som E. coli kan forårsake. 8 renkultur prøver av E. coli ble rekultivert på koliform kromogent vekstmedium. DNA fra E. coli ble isolert, 7 husholdningsgen ble amplifisert med PCR. Amplikonene ble kvalitetssikret ved hjelp av seperasjon på gelelektroferese. Prøvene ble sendt til Eurofins (Ebersberg i Tyskland) for sekvensering. Sekvensene dannet grunnlag for genotyping med MLST metode. MLST 7 gene Achtman scheme sammenlikner alleltypene til 7 husholdningsgener, og kombinasjon av disse allelene gir prøven en sekvenstype. De ulike sekvenstypene ble sammenlignet med E. coli MLST databasen som inneholder et stort antall eksisterende sekvenstyper. 7 av prøvene og tilhørende epidemiologiske data fantes i databasen, mens sekvenstypen til 1 prøve er ny og kun nærmeste lignende sekvenstype er identifisert. Databasen viser hvilke reservoar de andre prøvene er funnet i, hvilke land og hvilket miljø. I databasen kan man også finne ut om sekvenstypen er patogen. Sammenligningen gir en indikasjon på sekvenstypenes opprinnelse og den potensielle kontaminasjonen av drikkevannskilden som E. coli stammene er kultivert fra. Analyse av sekvens, fylogenetiske trær og statistiske analyser indikerte en lav grad av polymorfisme i genene. Det viste også at prøvene er isolert tidligere fra blant annet dyr, jord, kloakk og humane kilder. Funn av E. coli i Brusdalsvatnet indikerer kontaminasjon av avføring fra mennesker eller dyr.