Establishing procedures for 16S metagenomics analysis of urine.

Abstract

Metagenomics is a fairly new field with many different approaches, and the need for establishing good procedures is existent. Recently, metagenomics has been used in research regarding resident flora in urine from healthy subjects. Urine, being a material with small amounts of cells, presents challenges to any method of analysis. This is why it is a good alternative in testing the quality of the procedures that are established. In the thesis, procedures for 16S metagenomics analysis of urine are established, and changes for future application of the procedures are suggested. Urine was collected from ten healthy male subjects, and tested by 16S metagenomics analysis on the Ion Torrent PGM. Series of cultivated and uncultivated samples were set up, and the uncultivated ones provided no results, whereas the cultivated ones showed a dominance of Corynebacterium, Bacilli, Firmicutes, Lactobacilliales, and Enterococcaceae. The results proved the established procedures to be functional in cultivated samples, but metagenomics for liquid urine still needs optimization.

Metagenomikk er et forholdsvis nytt felt med mange ulike fremgangsmåter, og behovet for etablering av gode prosedyrer er stort. I nyere forskning har metagenomikk blitt benyttet til kartlegging av normalflora i urin hos friske mennesker. Siden urin er et materiale som inneholder små mengder med celler, opptrer den som en stor utfordring for de fleste analysemetoder. Dette gjør at det er et gunstig materiale å bruke for å utfordre kvaliteten på prosedyrene som etableres. I oppgaven etableres prosedyrer for 16S metagenomikk analyser for urin, og eventuelle endringer til fremtidige forsøk foreslås. Urinen ble samlet fra 10 friske menn, og testet ved 16S metagenomikk analyse på Ion Torrent PGM. Serier av kultiverte og ukultiverte prøver ble satt opp, de ukultiverte prøvene ga ingen resultater, mens de kultiverte prøvene viste dominerende innhold av Corynebacterium, Bacilli, Firmicutes, Lactobacilliales, og Enterococcaceae. Resultatene viste at prosedyrene som ble etablert fungerte godt for kultiverte prøver, men metagenomikk for ukultivert urin har fremdeles behov for optimalisering.