Strømme syndrom - Jakten på et gen

Abstract

I 2005 ble en ny type sekvenseringsteknologi introdusert som åpnet for uante muligheter innen genetikken. Prosjekter som tidligere ble ansett som uoverkommelige, både teknisk og økonomisk, kan nå gjennomføres. Sekvenseringsteknologien som baserer seg på massiv, parallell sekvensering har fått navn som nestegenerasjonssekvensering og storskalasekvensering. Prinsippet for denne metoden og potensielle bruksområder blir diskutert i tillegg til utfordringer knyttet opp mot teknologien.Et av områdene som har fått en merkbar utvikling etter at denne teknologien kom på markedet er studien av monogene sykdommer; sykdommer som forårsakes av mutasjoner i ett gen alene. Man antar at det finnes rundt 7000 slike sykdommer. Den genetiske årsaken er ukjent for mer enn halvparten av disse.Strømme syndrom, som først ble beskrevet i 1993, antas å være en monogen sykdom. Syndromet uttrykker seg i pasientene gjennom tarmmisdannelse, øyemisdannelser og liten hodeomkrets. Dette er en av mange sjeldne tilstander hvor man tidligere ikke har hatt metoder for å kunne lokalisere den genetiske årsaken. Ved bruk av storskalasekvensering av den kodende delen av genomet, har vi i dette prosjektet lett etter de(n) kausale varianten(e) for Strømme syndrom. Tilsvarende prosjekter med lignende design hadde vist seg å være vellykket tidligere, men i dette prosjektet klarte vi ikke finne en sikker årsak til sykdommen. En rekke kandidatgener ble identifisert, men ingen kunne med sikkerhet fastslås å være sykdomsgenet.Årsakene til manglende konklusjon rundt sykdomsårsaken kan være flere. Disse kan være knyttet både til de biologiske antagelsene som er lagt til grunn for prosjektet og til rent metodiske svakheter knyttet opp mot storskalasekvensering. For å kunne identifisere et eventuelt sykdomsgen for Strømme syndrom vil undersøkelse av flere pasienter trolig være nødvendig.