Blar i NTNU Open på forfatter "Simensen, Vetle"
-
A Novel Approach to Address Uncertainty Propagation and Improve Biomass Composition Representation for Genome Scale Metabolic Modelling
Monsson, Helge (Master thesis, 2023)Innhentning av biologiske data i form av store datasett har vore eit mål i biologifeltet de siste tiårene. Disse datasetta er store og komplekse, grunnet ma˚ten biologiske system har utviklet seg. Eit felt som søker å gjøre ... -
Comparative analysis of cancers and identification of novel anticancer drug targets using genome-scale metabolic modeling
Sandtrøen, Rebecca Madeleine Gilbert (Master thesis, 2022)Mange av dagens kreftmedisiner har som mål å hemme cellulære prosesser i kreftvev, noe som uungåelig også påvirker de samme prosessene i friskt vev. Dette resulterer i uønskede og langsiktige bivirkninger for pasienten, ... -
Experimental determination of Escherichia coli biomass composition for constraint-based metabolic modeling
Simensen, Vetle; Schulz, Christian; Karlsen, Emil; Bråtelund, Signe; Burgos, Idun Maria Tokvam; Thorfinnsdottir, Lilja Brekke; Garcia Calvo, Laura; Bruheim, Per; Almaas, Eivind (Peer reviewed; Journal article, 2022)Genome-scale metabolic models (GEMs) are mathematical representations of metabolism that allow for in silico simulation of metabolic phenotypes and capabilities. A prerequisite for these predictions is an accurate ... -
Exploring the in vivo and in silico behaviour of the synthetic methylotroph Bacillus subtilis 168 pBV2mp_mdhBm
Linn Sandvik (Master thesis, 2023)Bacillus subtilis er en type bakterie som er mye brukt som cellefabrikk i bioteknologisk industri (Su 2020). Bakterien kultiveres vanligvis med glukose som karbonkilde (Kleijn 2010), men det har oppstått en interesse for ... -
High‐quality genome‐scale metabolic model of Aurantiochytrium sp. T66
Simensen, Vetle; Voigt, Andre; Almaas, Eivind (Journal article; Peer reviewed, 2021)The long‐chain, ω‐3 polyunsaturated fatty acids (PUFAs) (e.g., eicosapentaenoic acid [EPA] and docosahexaenoic acid [DHA]), are essential for humans and animals, including marine fish species. Presently, the primary source ... -
Phenotypic response of yeast metabolic network to availability of proteinogenic amino acids
Simensen, Vetle; Seif, Yara; Hall, Martina (Peer reviewed; Journal article, 2022)Genome-scale metabolism can best be described as a highly interconnected network of biochemical reactions and metabolites. The flow of metabolites, i.e., flux, throughout these networks can be predicted and analyzed using ... -
Reconstruction of a genome-scale metabolic model for the analysis of the leaginous phenotype of Aurantiochytrium sp. T66
Simensen, Vetle (Master thesis, 2019)Thraustochytrider er heterotrofe protister som under bestemte betingelser akkumulerer store mengder triglyserider som er svært rike på omega-3-flerumettede fettsyrer. Det økende globale behovet for disse fettsyrene har ... -
The Biomass project
Bakke Dysterud, Ingeborg (Master thesis, 2022)Biomassen er mengden RNA, DNA, protein, lipid og karbohydrat i en organisme. Den varierer med vekstraten, men er konstant for forskjellige kilder av karboner ved lik vekstrate. I prosjektet vårt undersøkte vi om dette ...