Blar i NTNU Open på forfatter "Almaas, Eivind"
-
A comparative study of gene correlation patterns and mean expression levels in Alzheimer's disease by network analysis
Glenna, Susanne (Master thesis, 2020)Hvert tredje sekund blir én person i verden rammet av demens. Hjernecellene deres dør, hukommelsen går gradvis tapt og kjente steder blir ukjente. Det er ikke bare ødeleggende for individet selv, men påvirker også familien ... -
A comparative study of gene expression networks associated with Lyme Disease
Mauroy, Camilla (Master thesis, 2020)Et viktig mål for systembiology er å identifsere mekanismer som er spesifikke for en gitt biologisk kontekst. Den store økningen av tilgjengelig datasett for genuttrykk har gjort det mulig å studere sammenhengen mellom ... -
A comparison of machine learning algorithms to investigate methylation profiles and predict type 1 diabetes
Mello, Amalie (Master thesis, 2021)Forekomsten og utbredelsen av type 1 diabetes i verden har økt de siste fire tiårene. Rakyan et al. hadde en hypotese om at noen av de ikke-genetiske faktorene skyldtes epigenetisk variasjon. Målet med denne masteroppgaven ... -
A composite network of conserved and tissue specific gene interactions reveals possible genetic interactions in glioma
Voigt, Andre; Nowick, Katja; Almaas, Eivind (Journal article; Peer reviewed, 2017)Differential co-expression network analyses have recently become an important step in the investigation of cellular differentiation and dysfunctional gene-regulation in cell and tissue disease-states. The resulting networks ... -
A method for dynamic flux balance analysis with global constraints
Karlsen, Emil (Master thesis, 2017)Nytteverdien til modellering i biologi øker stadig. Maskinvare og programvare blir stadig mer sofistikert, og i møte med den stadig voksende strømmen av data fra høy-volum eksperimentelle teknikker vokser også modellers ... -
A Polygenic Risk Score Analysis for Cardiovascular Diseases using a PheWAS Network
Skinderhaug, Marit Kveberg (Master thesis, 2021)Feltene genome-wide association studies og nettverksteori har hatt stor utvikling over de siste årene, og har bidratt til viktige oppdagelser og teknologier. I denne masteroppgaven har bruk av nettverksteori og genome-wide ... -
A Simulated Annealing Based Method for Generating Random Metabolic Networks
Overn, Siri Haftun (Master thesis, 2017)A new method for randomization of metabolic networks was developed. The method was based on a Simulated Annealing algorithm, which is a well known technique for approximating optimal solutions to optimization problems. By ... -
A song of Host and Virus: Studying Phage Plaque Development on Bacterial Lawns
Todal, Aslak (Master thesis, 2020)I denne masteroppgaven presenteres nye metoder, utstyr og en matematisk modell for undersøkelse av utviklingen av bakteriofagplakk i semisolid agar fylt med bakterier. Cellfiebooth-systemet, opprinnelig utviklet og introdusert ... -
A study of the interactions and dynamics of microbial communties
Pettersen, Jakob Peder (Master thesis, 2019)De seneste årene har strukturen, sammensetningen og interaksjonene i mikrobielle samfunn vært et hett tema i de vitenskapelig miljøene. En rekke næringer som havbruk, vannbehandling og helse har mye å tjene dersom en utvidet ... -
Acknowledging the uncertainty of enzyme kinetic parameters in constraint-based metabolic modeling
Alexandersen, Christoffer Gretarsson (Master thesis, 2020)Begrensningsbaserte analysemetoder, slik som "flux balance analysis" (FBA), har vist seg å være nyttige og allsidige beregningsverktøy for å studere og tilvirke cellemetabolisme. Med stadig nye anvendelser innenfor medisin ... -
Addressing uncertainty in genome-scale metabolic model reconstruction and analysis
Bernstein, David; Sulheim, Snorre; Almaas, Eivind; Segrè, Daniel (Peer reviewed; Journal article, 2021)The reconstruction and analysis of genome-scale metabolic models constitutes a powerful systems biology approach, with applications ranging from basic understanding of genotype-phenotype mapping to solving biomedical and ... -
An adjustable algal chloroplast plug-and-play model for genome-scale metabolic models
Røkke, Gunvor Bjerkelund; Hohmann-Marriott, Martin Frank; Almaas, Eivind (Peer reviewed; Journal article, 2020)The chloroplast is a central part of plant cells, as this is the organelle where the photosynthesis, fixation of inorganic carbon, and other key functions related to fatty acid synthesis and amino acid synthesis occur. ... -
Agent-Based Modelling of Bee Communication Networks
Rem, Vetle (Master thesis, 2020)I denne avhandlingen ble det laget en agentbasert modell som skulle gjenskape det sosiale interaksjonsnettverket i en bikube basert på et empirisk datasett med registrerte kommunikasjonstilfeller mellom honningbier. ... -
Agent-Based Modelling of SARS-CoV-2 Spread in a National Municipality Network
Bergo, Helge (Master thesis, 2021)Helt siden starten av 2020 har SARS-CoV-2 snudd opp ned på hverdagen i hele verden. Viruset har tatt 3,7 millioner liv, og over 174 millioner har fått påvist smitte globalt. Datamodellering i form av agent-baserte modeller ... -
Alginate Biosynthesis Factories in Pseudomonas fluorescens : Localization and Correlation with Alginate Production Level
Maleki, Susan; Almaas, Eivind; Zotchev, Sergey; Valla, Svein; Ertesvåg, Helga (Journal article; Peer reviewed, 2016)Pseudomonas fluorescens is able to produce the medically and industrially important exopolysaccharide alginate. The proteins involved in alginate biosynthesis and secretion form a multiprotein complex spanning the inner ... -
An Agent-Based Modeling Framework for Simulating the Spread of SARS-CoV-2 on a Temporal Contact Network
Sævareid, Signe (Master thesis, 2020)Den pågående koronapandemien har så langt krevd mer enn 430000 menneskeliv på verdensbasis. Krisen har ført til en massiv global innsats i søken etter kunnskap om virusets egenskaper og hvordan spredningen kan begrenses. ... -
An integrated systems biology approach to investigate transcriptomic data of thyroid carcinoma
Gulla, Marie (Master thesis, 2019)Som følge av store framskritt i teknologi og innovativ tenkning har det blitt mulig å måle uttrykk av gener og hvordan dette uttrykket varierer over store grupper mennesker. Sammenligning av genuttrykk gjør det mulig å ... -
Assembly and application of genome-scale metabolic models to study Streptomyces coelicolor and Prochlorococcus
Sulheim, Snorre (Doctoral theses at NTNU;2021:96, Doctoral thesis, 2021)Summary: Metabolism is the set of all chemical reactions responsible for the conversion of nutrients into the energy and cellular building blocks required for growth and cellular maintenance in a living organism. Because ... -
Assessment of weighted topological overlap (wTO) to improve fidelity of gene co-expression networks
Voigt, Andre; Almaas, Eivind (Journal article; Peer reviewed, 2019)Background For more than a decade, gene expression data sets have been used as basis for the construction of co-expression networks used in systems biology investigations, leading to many important discoveries in a wide ... -
Automated generation of genome-scale metabolic draft reconstructions based on KEGG
Karlsen, Emil; Schulz, Christian; Almaas, Eivind (Journal article; Peer reviewed, 2018)Background Constraint-based modeling is a widely used and powerful methodology to assess the metabolic phenotypes and capabilities of an organism. The starting point and cornerstone of all such modeling is a genome-scale ...