Identifikasjon av Nrf2-målgener i musecellelinje 66cl4 vha ChIP-sekvensering

Abstract

Brystkreft er den mest prevalente kreftformen blant kvinner i Norge. I forskningen har transkripsjonsfaktorer og deres innvirkning på spredning av kreftceller blitt hyppigere undersøkt de siste årene. Hovedformålet med denne oppgaven er å finne ut hvilke nye målgener som transkriberes av transkripsjonsfaktoren Nrf2, og verifisere noen av de kjente målgenene ved hjelp av ChIP-PCR.

Metoden som er benyttet i denne oppgaven er hovedsakelig ChIP-PCR, for å verifisere at ChIP-prosedyren har vært vellykket. Litteratursøk ble utført for å finne ut hvordan spesielt kritiske trinn i ChIP-prosedyren kan utføres mest mulig optimalt. Det ble utført neste generasjons sekvensering og bioinformatikkanalyser (utført av kjernefasilitetene) for å finne de ulike DNA-sekvensene der Nrf2 har bundet seg.

Ved ChIP-PCR ble det verifisert at de kjente Nrf2-målgenene Txnrd1, Nqo1, Gsta3 og Gsta4 er målgener for Nrf2. Ved ChIP-sekvensering ble det funnet 94 bindingssteder for Nrf2 i musecellelinjen 66cl4 deriblant i genene Txnrd1, Nqo1 og Ephx1, hvorav 2 ble bekreftet ved hjelp av ChIP-PCR. I tillegg ble kritiske trinn i ChIP-prosedyren vurdert.

Breast cancer is the most prevalent form of cancer for women in Norway. Transcriptionfactors and their role in metastasis of cancer cells have increasingly been studied the last couple of years. The main purpose of this project was to find new target genes that are transcribed by the transcription factor Nrf2, and to verify some of these known target genes with ChIP-PCR.

The method used in this thesis is mainly ChIP-PCR, used to verify that the ChIP-procedure was successful. Next generation sequencing and bioinformatics analysis was also performed (by Core Facilities) to find the different DNA-sequences where Nrf2 has bound. Additionally, a search in existing literature was done to identify critical steps in the ChIP-procedure.

With ChIP-PCR the known Nrf2 target genes Txnrd1, Nqo1, Gsta3 and Gsta4 were verified to be target genes for Nrf2. Using ChIP-sequencing 94 bindingssites for Nrf2 in the mouse cell line 66cl4 were found. Among these were Txnrd1, Nqo1 and Ephx1. Two of these were confirmed by ChIP-PCR. Critical steps in the ChIP-procedure were additionally evaluated.