Variance in relative gene expression RT-qPCR analysis of Atlantic salmon - before, during and after delousing

Abstract

Ekspresjonen av stressrelaterte gen i laks (Salmo salar) er av stor interesse når det kommer til velferdsstudier hos oppdrettsfisk. Det å ha en bedre forståelse for stressrespons på et genetisk nivå, kan hjelpe til med å forbedre fiskevelferden. Mekanisk avlusning er en kjent stressfaktor for laksen. Vevsprøver ble samlet fra testgrupper før (B), under (D), og etter (AA) avlusing, og analysen av genekspresjon ble utført via RT-qPCR med seks stressrelaterte målgen (hsp70, p53, pcna, nrf2, lox5 og tnfα), som så ble normalisert mot et referansegen (ef1aα). ef1aα ble brukt som referansegen basert på dets stabile og tidligere viste pålitelighet som referansegen i laks. Det ble brukt en variansanalyse for å avdekke signifikante forskjeller i genekspresjon mellom gruppene fra RT-qPCR forsøkene. Det ble påvist statistiske signifikante forskjeller i gruppe B og D, men ikke i gruppe AA. Det er indikert at tiden det tar å samle prøvene, påvirker de statistiske trendene i resultatene, der raskere prøvetaking per individ gir mer stabile resultater. Det ble brukt betydelig lengre tid for gruppe B og D, realtivt til gruppe AA. Dette kan resultere i ulik genekspresjon mellom første og siste individ per gruppe. Videre forskning er anbefalt for å standardisere prøvetakningen.

The expression of stress-related genes in Atlantic salmon (Salmo salar) is of major interest when it comes to welfare studies in farmed fish. Having a greater understanding of the stress response at a genetic level in fish can aid in improving fish welfare. Mechanical delousing is a known stressor of Atlantic salmon. Tissue samples were collected from test groups before (B), during (D), and after (AA) mechanical delousing. Gene expression analysis was performed by RT-qPCR with six stress-related genes of interest (hsp70, p53, pcna, nrf2, lox5 and tnfα), which were normalised against a reference gene (ef1aα). ef1aα was chosen because of its stability and proven reliability as a reference gene in Atlantic salmon. Analysis of variance was used to detected significant inter-group differences in relative gene expression from the RT-qPCR assays. Statistically significant variances were detected in groups B and D, but not in group AA. It is indicated that total sampling time influences the statistical trends in gene expression, where shorter sampling time per individual produces more stable results. Groups B and D had significantly larger sampling time relative to group AA. This may result in different gene expression between the first and last individual per group. Further research is recommended to standardise sampling.