Vis enkel innførsel

dc.contributor.authorSousa, Mirta Mittelstedt Leal denb_NO
dc.date.accessioned2014-12-19T14:18:26Z
dc.date.available2014-12-19T14:18:26Z
dc.date.created2012-05-02nb_NO
dc.date.issued2012nb_NO
dc.identifier524524nb_NO
dc.identifier.isbn978-82-471-3416-0nb_NO
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11250/263507
dc.description.abstractProteomikkbasert analyse av proteiner involvert i DNA reparasjon og kreftbehandling DNA reparasjon er grunnleggende for å opprettholdelse levende organismers genom. Forskning i løpet av det siste tiåret har vesentlig økt vår kunnskap om hvordan ulike DNA reparasjonsspor blir regulert og hvordan de interagerer med andre cellulære prosesser som replikasjon, transkripsjon og apoptose.. Cellulære responser på DNA skade ser ut til å virke gjennom komplekse reorganiseringer av proteomet inkludert et stort antallpost-translasjonelle modifikasjoner (PTMer). Vår kunnskap om samspillet og effekten av ulike PTMer er fortsatt meget begrenset. I arbeidet med denne avhandlingen er det benyttet ulike proteomikkbaserte teknikker for å belyse de underliggende molekylære mekanismene i base eksisjonsreparasjon (BER) og direkte reversering av DNA skade. I flere av artiklene som er inkludert i denne avhandlingen har deteksjon og karakterisering av PTMer har vært sentralt for å kartlegge regulatoriske mekanismer bak proteinfunksjon.. En av de mest bemerkelseverdige illustrasjonene på dette er hvordan uracil DNA glykosylase 2 (UNG2) reguleres via fosforylering av proteinets N-terminale ikke-katalystiske domene. UNG2 er hovedenzymet for utkutting av uracil fra kromosomalt DNA i cellekjernen. Normalt initierer dette reparasjon av DNA-skaden, men det kan også initiere mutagene prosesser som er sentrale for B-cellenes immunrespons. Immunopresipitering, etterfulgt av todimensjonal gelelektroforese (2DE) viste at Hela celler inneholder fire former for UNG2. Massespektrometri viste videre at de ulike formene representerte trinnvise, cellesyklusavhengige fosforyleringer av aminosyrene S23, T60 og S64. Fosforylering av S23 øker UNG2s binding til kromatin, mens T60 og S64 fosforyleringer samlet utgjør et såkalt fosfodegron som fører til tap av binding til kromatin og RPA, og degradering av UNG2. Proteomikkbaserte metoder ble også brukt for å undersøke regulering av protein-interaksjoner i DNA reparasjon. PCNA (proliferating cell nuclear antigen) er et sentralt protein i DNA reparasjon og en rekke andre cellulære prosesser. Proteinet kan binde en rekke andre proteiner som inneholder et såkalt PCNA interaksjons protein (PIP) motiv. Studier av interaksjonen mellom PCNA og det humane alkyleringsreparasjonsproteinet α-ketoglutarat-avhengig dioksygenase alkB homolog 2 (hABH2) viste at de to proteinene interagerte via et hittil ukjent motiv som vi kalte AlkB homolog 2 PCNA-interagerende motiv (APIM). Dette motivet fant vi også i en rekke ulike cellulære proteiner. Våre resultater indikerer at bindingen mellom de to proteinene reguleres gjennom PTMer av PCNA. Ytterligere karakterisering krever isolering av ulike modifiserte former for PCNA og er et pågående arbeid ved vår forskningsgruppe. Mange av DNA reparasjonsproteinene er utrykkes kun i små mengder og er derfor vanskelige å isolere i store nok mengder for detaljert karakterisering. Gjennom våre forsøk på å isolere spesifikke DNA reparasjonsproteiner for analyse av PTMer observert gjennom 2DE og westernblot analyse utviklet vi en forbedret metode for anriking av immunopresiperte proteiner. En sentral, men ofte oversett, flaskehals i anriking av immunopresiperte proteiner for 2DE er eluering fra immunomatriks. Ved endringer i antistoff-kobling og eluerings-metoder som er kompatible med etterfølgende 2DE er vår metode i stand til å redusere uspesifikke interaksjoner og øke anrikingen av det ønskede proteinet. Proteomiskbaserte metoder ble også brukt for et videre søk etter proteiner som er involvert i cellulære signalresponser på kreftbehandling. En studie fokuserte på endringer i protein utrykk og PTMer indusert av fotodynamisk terapi (PDT). Ved 2D-DIGE ((two-dimensional difference in-gel electrophoresis), immunopresipitering og massepektrometri fant vi ulike uttrykk og modifikasjoner i en rekke proteiner i karsinomceller fra rotteblære etter PDT-behandling. PDT ser ut til å initiere komplekse responser blant proteiner involvert i cellulær mobilitet, metabolisme, overlevelse og død. Videre ble kvantiativ western analyse brukt for å utforske Melfalanindusert endring i uttrykk av proteiner involvert i DNA-reparasjon. Dette arbeidet er en del av et større studie hvor vi har benyttet SILAC (stable isotope labeling by amino acids in cell culture)-basert proteinprofilering og transkriptomanalyser for å identifisere nye biomarkører forbundet med utvikling av Melfalanresistens i myelomceller. Bedre forståelse av de underliggende molekylære mekanismene som er aktive ved PDT og Melfalanbehandling kan potensielt forbedre diagnose, prognose og behandling innen de aktuelle kreftformene, inkludert nye adjuvanser som kan forbedre eksisterende terapi.nb_NO
dc.languageengnb_NO
dc.publisherNorges teknisk-naturvitenskapelige universitet, Det medisinske fakultet, Institutt for kreftforskning og molekylær medisinnb_NO
dc.relation.ispartofseriesDoktoravhandlinger ved NTNU, 1503-8181; 2012:72nb_NO
dc.relation.ispartofseriesDissertations at the Faculty of Medicine, 0805-7680; 535nb_NO
dc.titleProteomics Analysis of Proteins Involved in DNA Base Repair and Cancer Therapynb_NO
dc.typeDoctoral thesisnb_NO
dc.contributor.departmentNorges teknisk-naturvitenskapelige universitet, Det medisinske fakultet, Institutt for kreftforskning og molekylær medisinnb_NO
dc.description.degreePhD i molekylærmedisinnb_NO
dc.description.degreePhD in Molecular Medicineen_GB


Tilhørende fil(er)

Thumbnail

Denne innførselen finnes i følgende samling(er)

Vis enkel innførsel