Etablering av real-time PCR for påvisning av toksisk sjokk toksin hos Staphylococcus aureus

Abstract

Bakgrunnen for dette prosjektet er at Avdeling for Medisinsk Mikrobiologi ved St. Olavs Hospital hadde behov for å etablere en real-time PCR metode for å påvise genet tst, hos Staphylococcus Aureus, som gir Toksisk sjokksyndrom (TSS). Dagens metode for å påvise genet er konvensjonell PCR, som er en tidkrevende og arbeidsom analysemetode, og det tar lang tid før rekvirerende lege får prøvesvar. Siden sykdommen fort kan bli kritisk for pasienten er det ønskelig å få prøvesvar raskere, og dermed er det aktuelt å få metoden over på real-time PCR format. Det ble anskaffet nye primere og TaqMan probe. Etablerings- og optimaliserings-prosessen innebar undersøkelse av effektivitet, optimal annealingtemperatur, deteksjonsgrense, sensitivitet og spesifisitet samt reproduserbarhet. I tillegg er det undersøkt om tst-genet kan påvises i eluat fra direktemateriale på lik linje med bakteriekoloni, og om dette kan være et alternativ for å korte ned svartiden enda mer. Resultatene viser at metoden har god effektivitet, sensitivitet og reproduserbarhet, samt lav deteksjonsgrense, og primere og probe binder spesifikt. Undersøkelse på direktemateriale ga et lovende resultat som viser mulighet for påvisning av tst-genet i direktemateriale.

This project was initiated by the Department of Medical Microbiology at St. Olav’s Hospital due to a wish for a real-time PCR method to detect the gene tst, in Staphylococcus aureus, which causes toxic shock syndrome (TSS). The current method for detecting the gene is conventional PCR, which is time-consuming and laborious, and it takes a long time before the requesting physician gets the test result. Since disease progression may be rapid and severe, it is desirable to obtain results quickly, which can be achieved by a real-time PCR format. New primers and a TaqMan probe were purchased. The establishment and optimization of the PCR involved examining efficiency, optimum annealing temperature, limit of detection, sensitivity and specificity as well as reproducibility on S. aureus isolates. In addition, it was examined whether the tst gene can be detected in eluate from clinical specimens, to see if this can be an alternative to shorten the response time even more. The results show that the method is efficienct, sensitivite and reproducible. The limit of detection was low, and the primers and probe are specific. Study on clinical specimens gave a promising result showing the possibility of detecting the tst-gene without prior culture.