Karakterisering av gener som påvirker biosyntesen av alginat i Azotobacter vinelandii

Abstract

For å undersøke faktorer som innvirker på alginat-produksjonen til Azotobacter vinelandii har det blitt laget et mutant-bibliotek med stammen A. vinelandii ATCC 12518 som utgangspunkt. Etter screeningsforsøk med henblikk på vekst- og alginatproduksjon av mutant-stammene ble det plukket ut et antall opp- og nedmutanter som ble undersøkt videre for å bestemme hvilke gener som var muterte og deres funksjon i forbindelse med alginatbiosyntesen i A. vinelandii.Denne oppgaven startet med å undersøke 17 nedmutanter fra screening-undersøkelse av biblioteket. Det ble satt opp vekstforsøk med alginatessay i to runder.Da utvalgte mutanter ble sekvensert for å finne ut hvilke gener som hadde transposoninsersjon viste det seg at transposon-vektoren pCAM140 var tilstede i alle stammene. Denne delen av oppgaven ble avbrutt og strategien for oppgaven noe endret. Det ble plukket ut to stammer som var kjente ned-mutanter fra screeningsforsøk og som allerede var sekvensert. Stammene 20A6 og 21T3C ble undersøk for å bekrefte fenotype og forsøkt komplementert for å bekrefte/undersøke videre funksjon av gener. 20A6 har mutasjon i genet for sucA (Avin_29770) som sannsynligvis kotranskriberes med sucB og lpdA. Denne stammen viste seg å ha både vill-type alleler og mutant-alleler tilstede, selv etter langvarig forsøk på seleksjon for mutant-alleler. Stammen 21C3T har mutasjon i Avin_13880, et gen som koder for en transkripsjonsregulator av IclR-klasse. Komplementering gav ikke stammene forventet alginat-produksjon tilbake. Det ble også gjort bioinfomatiske undersøkelser og litteraturstudier for å forsøke å klarlegge hvilken funksjon de ovennevnte genene har i alginatsyntesen i A. vinelandii.