Karakterisering av ukonvensjonelle T-celler i IBD ved RNA-sekvensering

Abstract

Inflammatorisk tarmsykdom (IBD) er en kompleks kronisk lidelse i mage-tarmkanalen med usikker patofysiologi. IBD omfatter to idiopatiske lidelser; Ulcerøs kolitt (UC) og Crohns sykdom (CD). Patofysiologi, progresjon og alvorlighetsgraden av UC og CD er fortsatt dårlig forstått, men det antas å være påvirket av genetiske-, miljø-, mikrobielle- og immunologiske faktorer. Det overordnede formålet med denne masteroppgaven er å analysere genuttrykket til ukonvensjonelle T-celler i UC og CD. Genuttrykksanalyse av ukonvensjonelle T-celler inkludert CD8-, MAIT-, iNK- og 𝛾𝛿-T-celler med V𝛿1-, V𝛿2- og V𝛿3-celler, er med formålet å avdekke hvordan disse påvirker utvikling og forekomst av IBD. Målet er å bidra til økt forståelse av IBD-etiologien og den potensielle rollen til ukonvensjonelle T-celler i UC og CD. Genuttrykksanalysen i denne masteroppgaven gir en grundig karakterisering av ukonvensjonelle T-celler. For å kunne trekke konkrete konklusjoner er det nødvendig med funksjonelle oppfølgingsstudier.

Inflammatory bowel disease (IBD) is a complex chronic disorder of the gastrointestinal tract with uncertain pathophysiology. IBD includes idiopathic disorders; Ulcerative colitis (UC) and Crohn`s disease (CD). The pathophysiology, progression and severity of UC and CD are still poorly understood, but are believed to be influenced by genetic, environmental, microbial and immunological factors. The overall purpose of this master´s thesis is to analyze the gene expression of unconventional T-cells in UC and CD. Gene expression analysis of unconventional T-cells including CD8-, MAIT-, iNK- and 𝛾𝛿-T-cells with V𝛿1-, V𝛿2- and V𝛿3-cells, is with the aim of uncovering how these affect the development and occurrence of IBD. The aim of this master´s thesis is to contribute to an increased understanding of IBD etiology and the potential role of unconventional T-cells in UC and CD. The gene expression analysis in this master’s thesis provides a thorough characterization of unconventional T cells. In order to be able to draw concrete conclusions, functional follow-up studies are necessary.