Vis enkel innførsel

dc.contributor.advisorMajaneva, Sanna
dc.contributor.advisorMajaneva, Markus
dc.contributor.advisorBåtnes, Anna Solvang
dc.contributor.advisorJohnsen, Geir
dc.contributor.authorSvendsen, Thea
dc.date.accessioned2023-07-11T17:24:05Z
dc.date.available2023-07-11T17:24:05Z
dc.date.issued2023
dc.identifierno.ntnu:inspera:141153294:43071378
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11250/3077942
dc.description.abstractHavet vårt står midt i en trippel planetarisk krise. Klimaendringer, forurensning og tap av biologisk mangfold påvirker både habitater og de som bor der. Havovervåkingsprogrammer er viktige siden de gir data som kan bidra til å forutsi virkningene av både klimaendringer og menneskelig aktivitet. Overvåkningen av biologisk mangfold har tradisjonelt vært avhengige av morfologisk artsidentifisering, som både er tidkrevende og kostbart. Molekylære metoder har derimot vist lovende resultater med tanke på å oppdage det skjulte artsmangfoldet. Mange studier understreker imidlertid at morfologiske artsidentifisering er den eneste pålitelige metoden for kvantifisering og at DNA-baserte metoder ikke kan gi kvantitative data, men det er foreløpig ingen konsensus. Målet med denne studien er derfor å teste anvendeligheten av DNA-baserte metoder sammenlignet med morfologisk artsidentifisering av biologisk mangfold for å se på muligheten for fremtidige overvåkningsprogrammer, og undersøke om DNA kan bli brukt til kvantifisering. Dyreplanktonarter er spesielt gode indikatorer på klimaforandringer, men identifisering av artsmangfoldet har en rekke utfordringer og dyreplankton er derfor hovedfokus i denne studien. Vannprøver for miljø-DNA og håvtrekk for dyreplanktonprøver ble samlet inn i overflaten, ved 10-, 25- og 50-meters dybde både natt og dag, våren 2022 fra Mausundbanken (63.8° – 64.2°N, 8.2° − 9.0° E), som er et område med stor betydning for både for biologisk mangfold og biologisk produksjon. QPCR ble brukt på en kjent konsentrasjon av Calanus finmarchicus og vannet de befant seg i. Fra prøvene samplet inn på Mausundbanken ble totalt 180 taksa identifisert ved bruk av miljø-DNA og 29 taksa ved bruk av morfologisk artsidentifisering. Dette viser hvordan DNA-baserte metoder kan forbedre artsidentifikasjon og hvordan metoden kan være med på å avsløre det skjulte artsmangfoldet. Ingen av de kvantifiserte prøvene viste korrelasjon mellom det kjente antallet C. finmarchicus-individer og miljø- DNA, og dette understreker altså hvor vanskelig kvantifisering ved bruk av molekylære metoder er. DNA-baserte metoder har et stort potensial innen artsidentifisering, og vil kanskje være den mest sannsynlige kilden til nye og innovative løsninger innen havovervåkning.
dc.description.abstractOur ocean is in the middle of a triple planetary crisis. Climate change, pollution, and biodiversity loss impacts its habitats and inhabitants. Ocean monitoring programs are valuable as they provide data which can help predict the impacts of both climate change and human activity. Yet, biodiversity monitoring has traditionally relied on morphological species identification, which is both time-consuming and costly. Molecular methods have, on the other hand, shown promising results in detecting the hidden species diversity. However, many studies emphasize that morphology is the only reliable method for quantification, and DNA-based methods cannot give reliable abundance data, but currently there is no consensus. Thus, the aim of this study was to test the applicability of DNA-based methods compared to traditional morphological species identification in biodiversity assessment for future monitoring programs, and test if molecular methods can be used in a quantitative matter. Zooplankton species are good indicators for changes in the environment, but species diversity assessments present challenges and thus main focus of this study. Water samples for environmental DNA (eDNA) and zooplankton net samples were collected at surface, 10-, 25- and 50-meters depth both night and day in spring 2022 from the Mausund Bank (63.8° – 64.2°N, 8.2° − 9.0° E), which is an area of significant importance for both biological diversity and production. QPCR of mock community of cultured Calanus finmarchicus and experimental water was used. In the samples collected at the Mausund Bank, a total of 180 taxa were detected using eDNA and only 29 taxa using morphological species identification, showing how DNA based methods are suitable for improving species identification and exposing the hidden diversity. On the other hand, quantification of mock communities showed no correlation between C. finmarchicus counts and eDNA reads, hence, emphasizing the difficulty in species quantification using molecular methods. DNA-based methods have a great potential for species identification and detection, and it is perhaps the most likely source of a new and innovating marine monitoring technique.
dc.languageeng
dc.publisherNTNU
dc.titleThe usability of eDNA to identify and quantify zooplankton communities
dc.typeMaster thesis


Tilhørende fil(er)

Thumbnail

Denne innførselen finnes i følgende samling(er)

Vis enkel innførsel