Karakterisering av mikrobiota i vill torsk (Gadus morhua)

Abstract

Det har i senere tid vært en økende interesse for GI-mikrobiota i fisk, men det er fremdeles begrenset kunnskap om mikrobiotaens sammensetning og funksjon i tarmen hos vill fisk. Målet med dette prosjektet var å karakterisere sammensetning og diversitet av mikrobiota i tarmsystemet hos vill torsk (Gadus morhua). Det ble undersøkt i hvilken grad GI-mikrobiota varierte mellom individer hentet fra Stjørdalsfjorden, om det fantes variasjoner i bakteriell sammensetning mellom mukus og tarminnhold, og om ulike deler av fordøyelsessystemet har sin egen karakteristiske mikrobiota. De mikrobielle samfunnene i prøvene ble undersøkt ved å benytte de molekylære metodene PCR (Polymerase Chain Reaction) og DGGE (Denaturerende Gradient Gel Elektroforese) og sekvensering av 16S rDNA amplicon klonbibliotek. DNA ble ekstrahert fra mukus og tarminnhold hentet fra blindsekker, fremre del av midttarm, bakre del av midttarm og baktarm. For sammenlikning av de mikrobielle samfunnene i prøvene ble DGGE-profilene, basert på 16S rDNA-amplicons fra totalt DNA, studert ved hjelp av statistiske analyser.Det var generelt liten forskjell i bakteriell sammensetning i tarmen mellom individer. Analysene av DGGE-profilene viste imidlertid at ett individ hadde signifikant forskjellig mikrobiota i forhold til de andre individene. Det ble observert en økende diversitet bakover i tarmen hos individene, men analysene ga ingen klar indikasjon på forskjeller i bakteriell sammensetning mellom ulike deler av tarmen. Sekvensering av DGGE-bånd viste tilstedeværelse av flere familier fra Proteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes og Actinobacteria i GI-mikrobiotaen. Ved sekvensering av 16S rDNA-amplicons fra et klonbibliotek som representerte en prøve av baktarmsinnhold fra ett individ, ble det bare detektert Photobacterium. Det ble ikke detektert Arkea i noen av tarminnholdsprøvene som ble undersøkt, noe som kan tyde på at det er lite Arkea til stede i GI-mikrobiota hos torsk. Resultatene ga ingen indikasjon på betydelige variasjoner i GI-mikrobiota hos ulike torskeindivid som lever i samme område.